อยุธยาถูกออกแบบให้เป็นเมืองน้ำ ผังเมืองที่สมบูรณ์และสวยงามเกิดจากความรู้จากธรรมชาติอย่างลึกซึ่ง เพราะแม่น้ำหลัก 3 สาย นอกจากจะนำความอุดมสมบูรณ์มาสู่เมืองอยุธยาแล้ว เมื่อถึงฤดูฝน ปริมาณน้ำจะมีมาก และไหลหลากลงมามากเกินความจำเป็น ดังนั้นการสร้างเมืองของชาวอยุธยาจึงได้รักษาแม่น้ำลำคลองของเดิมเอาไว้ และมีการขุดคูคลองเพิ่มเติมโดยเฉพาะอย่างยิ่งในแนวเหนือใต้ ให้เป็นแนวตรง เชื่อมต่อกับแม่น้ำลำคลองเดิม ทำให้กระแสน้ำระบายออกไปจากตัวเมืองได้สะดวกรวดเร็ว ทำให้เมืองอยุธยา มีแม่น้ำลำคลองจำนวนมาก เป็นเครือข่ายโยงใยกัน ทั้งนอกเมืองและในเมือง และแนวคลองต่างๆก็แบ่งพื้นที่ให้เป็นลักษณะเกาะขนาดเล็กจำนวนมาก สำหรับเป็นเขตวัด เขตวัง และที่อยู่อาศัย

นอกจากนี้ยังมีแนวถนนที่ขนานไปกับแนวคูคลอง มักสร้างเป็นถนนดิน ถนนอิฐ โดยมีสะพานจำนวนมากสร้างข้ามคลอง มีทั้งสะพานไม้ สะพานอิฐ สะพานก่อด้วยศิลาแลง สะพานสายโซ่ สะพานยก รวมทั้งสิ้นกว่า 30 สะพาน นอกตัวเมืองเป็นที่ต่ำกว่าใช้เป็นพื้นที่สำหรับเกษตรกรรม มีแม่น้ำลำคลองนำน้ำเข้าไปหล่อเลี้ยงอย่างทั่วถึง สองฝั่งน้ำเหล่านั้นเป็นที่อยู่อาศัยของชาวอยุธยาซึ่งจะปลูกสร้างบ้านเรือนเป็นกลุ่มๆ สลับไปกับวัดวาอาราม